建造制藥實驗室的根本目的不是為了滿足實驗過程中對原輔料的分析驗證以及病理研究并產出目標試劑。根據不同的科研項目，制藥實驗室大致會包含以下數個功能業務模塊中的幾個：
1、中心實驗室。作為制藥實驗室的核心，中心實驗室肩負著實驗的主要業務責任。
2、微生物檢查室。由于不同的目的的試劑需要的檢驗環境不同，大致分為：一般無菌室(半無菌室)和衛生標準室兩類。
3、儀器室。作為各類儀器的存放以及使用的建筑，大致有天平室、光譜室、顯微室、玻璃儀器存放間和普通儀器室等類別。
4、高溫室。高溫室用于制劑干燥或者消毒之所。
5、留樣觀察室。主要針對實驗室原輔料、包裝材料以及成品的留樣進行儲存驗證管理。
6、氣體供應室。對環境安全與操作安全要求極高。某些特殊的氣體，比如毒氣室，就需要安全隔離的建造，才能滿足安全實驗的要求。
7、除了以上的功能性區域外，一般的制藥實驗室還應該具備質量管理辦公室以及檔案室等行政辦公區域。
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