近日，來(lái)自哈佛大學(xué)的杰出華人教授莊小威教授課題組開(kāi)發(fā)了一種基于折紙轉(zhuǎn)子的成像和跟蹤技術(shù)（origami-rotor-based imaging and tracking，ORBIT），這是一種利用熒光標(biāo)記的DNA折紙轉(zhuǎn)子在單分子水平上以毫秒的時(shí)間分辨率跟蹤DNA旋轉(zhuǎn)的方法，相關(guān)研究成果發(fā)表在《Nature》上。
許多基因組加工過(guò)程（包括轉(zhuǎn)錄、復(fù)制和修復(fù)）會(huì)發(fā)生DNA的旋轉(zhuǎn)。直接測(cè)量DNA旋轉(zhuǎn)的方法，如轉(zhuǎn)子珠追蹤、棱角光學(xué)捕捉器和磁鑷子等，有助于解開(kāi)一系列基因組處理酶的作用機(jī)制，這些酶包括RNA聚合酶（RNA）、旋轉(zhuǎn)酶（一種病毒DNA封裝馬達(dá)）和DNA重組酶。
盡管旋轉(zhuǎn)測(cè)量有可能改變我們對(duì)基因組處理反應(yīng)的理解，但測(cè)量DNA旋轉(zhuǎn)仍然是一項(xiàng)艱巨的任務(wù)。現(xiàn)有方法的時(shí)間分辨率不足以跟蹤多種酶在生理?xiàng)l件下誘導(dǎo)的旋轉(zhuǎn)，且測(cè)量通量通常較低。
為了解決這些問(wèn)題，研究人員開(kāi)發(fā)了ORBIT技術(shù)，研究人員使用ORBIT來(lái)跟蹤由RecBCD復(fù)合物（一種參與DNA修復(fù)的螺旋酶）釋放產(chǎn)生的DNA旋轉(zhuǎn)，以及由RNAP轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的DNA旋轉(zhuǎn)。研究人員描述了在RecBCD復(fù)合物誘導(dǎo)的DNA解開(kāi)過(guò)程中發(fā)生的一系列事件--包括啟動(dòng)、過(guò)程易位、暫停和回溯--并揭示了一個(gè)涉及可逆的不依賴ATP的DNA解開(kāi)和RecB馬達(dá)參與的啟動(dòng)機(jī)制。在RNAP轉(zhuǎn)錄過(guò)程中，研究人員直接觀察到單個(gè)堿基對(duì)展開(kāi)相應(yīng)的旋轉(zhuǎn)步驟。
研究人員表示ORBIT將使研究蛋白質(zhì)和DNA之間廣泛的相互作用成為可能。
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